More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0005 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t04  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  89.19 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  89.19 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  89.19 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  89.19 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0431  tRNA-Ala  90.54 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.147993  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0045  tRNA-Ala  93.44 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000176076  normal  0.226339 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0030  tRNA-Ala  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0277  tRNA-Ala  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.5301700000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1915  tRNA-Ala  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000764546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0041  tRNA-Ala  91.38 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0260276 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0413  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.117487  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0037  tRNA-Ala  91.38 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.021593 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  88.33 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  88.33 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0010  tRNA-Ala  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.451721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>