98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0025 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  91.3 
 
 		 399 bp  89.7  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  87.67 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0035  tRNA-Val  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55919  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309363  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0002  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.231907  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0002  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309288  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0313014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>