287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0059 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  94.67 
 
 		 399 bp  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  96 
 
 		 70 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  95.83 
 
 		 68 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.46 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2608  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000643017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>