243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0014 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  95.83 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  95.83 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  95.83 
 
 		 399 bp  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  94.52 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  92.96 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  97.87 
 
 		 70 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  97.78 
 
 		 68 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  93.1 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  90.2 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5674  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000774972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-5  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000098013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>