259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0030 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0035  tRNA-Val  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.382537  normal  0.802971 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  85.71 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  84 
 
 		 399 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0042  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.209916  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 68 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  93.75 
 
 		 70 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05230  tRNA-Ile  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00440  tRNA-Ile  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.703813  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00510  tRNA-Ile  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.688322  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00540  tRNA-Ile  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00590  tRNA-Ile  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.345131  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00750  tRNA-Ile  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115154  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0035  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81932  normal  0.306729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  96.3 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-5  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000098013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>