31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_R0035 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.382537  normal  0.802971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0019  tRNA-Val  92.86 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  87.93 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  84.72 
 
 
77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0024  tRNA-Val  92.31 
 
 
75 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  85.71 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  85.71 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  85.71 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000503685  hitchhiker  0.000000175517 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>