111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0054 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  100 
 
 		 399 bp  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  94 
 
 		 70 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  93.88 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  95.83 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 68 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  93.62 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  93.62 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    89.83 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0035  tRNA-Val  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55919  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.49 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>