More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0035 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55919  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00016  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000202389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2652  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000608087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2676  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00067711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2780  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000064612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0059  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00482494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0039  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.552489  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3634  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000679496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2674  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00824453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2560  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000861237  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0788  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000010379  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0879  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000126601  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0665  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000217876  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0054  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0035  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.134174  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0060  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00525968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0053  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.294678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0037  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.140451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0457  tRNA-Val  92.73 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2559  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000360113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2608  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000643017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0911  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000875601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2610  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2651  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000523066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2561  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000777875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2781  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000634028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0037  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000578787  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2650  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000507401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0849  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000146237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3636  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3635  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0847  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0038  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.809609  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0052  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11446  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0058  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0036  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0040  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.37515  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0044  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0054  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.126583 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2782  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000628066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0848  tRNA-Val  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000265461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5659  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000220141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5674  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000774972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00757095  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-5  tRNA-Val  89.09 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  85.07 
 
 		 399 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0143  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000199332  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0080  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000518886  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0018  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.010388  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0045  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>