284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0064 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  91.67 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  96.3 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  96.3 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  89.8 
 
 		 399 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0017  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000274688  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0024  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0265895  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0002  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0444692 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0014  tRNA-Val  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.269962  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  91.11 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  86.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0030  tRNA-Val  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  87.76 
 
 		 70 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  86.79 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0071  tRNA-Val  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.99894  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>