64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0064 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0035  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.382537  normal  0.802971 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0034  tRNA-Val  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0146998  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0029  tRNA-Val  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.76241 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0024  tRNA-Val  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  85.45 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15450  tRNA-Val  87.76 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0490498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  83.87 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>