More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_R0016 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal01  tRNA-Val  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal02  tRNA-Val  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal04  tRNA-Val  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1117t  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00968485  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3082t  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0006696  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3089t  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00274094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3188t  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0373931  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0002  tRNA-Val  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0444692 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0118  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00020053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0028  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.337243 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t039  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000279431  normal  0.23935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0062  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00027509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0122  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000703597  normal  0.991143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0033  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000154108  normal  0.350378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0119  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000206834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0117  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000194506  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0066  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000106688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0063  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000284788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0115  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0029  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.342231 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0027  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000568482  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0026  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00167202  normal  0.213758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0032  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000487693  normal  0.350378 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0034  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000784133  normal  0.347644 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0031  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.347644 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0116  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000516317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0061  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00024378  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0068  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000103531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0065  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000940035  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0069  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000229651  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0123  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000761032  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0030  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000589005  normal  0.351876 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0103  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000279802  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0121  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000223353  normal  0.991143 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1713  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.205594  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0067  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000378114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0083  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0034  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000134518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0035  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000119187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0036  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000113346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0037  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000120415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0038  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0039  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000106718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0078  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000285873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0064  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000300215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0060  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000229541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0120  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0092  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000905029  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0070  tRNA-Val  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>