46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6031 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  89.86 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>