228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0028 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0709  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0133528  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0043  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00024501  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>