239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_R0057 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  96.97 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>