180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0085 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1469  tRNA-His  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1684  tRNA-His  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.592978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2136  tRNA-His  94.44 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00922633  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2211  tRNA-His  94.44 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240288  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0047  tRNA-His  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-His-1  tRNA-His  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1762  tRNA-His  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2041  tRNA-His  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000147998  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0022  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309215  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.266005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309135  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0040  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1417  tRNA-His  92.31 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0010  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0833672 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  88.89 
 
 		 80 bp  60  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0011  tRNA-His  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0035  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.2650599999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0040  tRNA-His  91.11 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0048  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0054  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0486  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.212105  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>