88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0040 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0017  tRNA-Ile  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000664856  normal  0.0132434 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0098  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.772561 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0024  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00268867  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0568  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0685  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0374427  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2916  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850846  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>