More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_R0075 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1556  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1533  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.102488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1920  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0104306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1751  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000295955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1519  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000581354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  97.14 
 
 		 79 bp  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00027  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.825713  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2378  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000316536  hitchhiker  0.00924941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0053  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0053  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.855863  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0045  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.653402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2148  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000010936  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0042  tRNA-Val  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  98.25 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  98.25 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0045  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60190  tRNA-Val  98.25 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05795  tRNA-OTHER  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0045  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00877282  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0021  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0049  tRNA-Val  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00100813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0076  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2457  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499895  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0015  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000941457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0080  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0217837  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0033  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0045  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0203  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00945827  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0039  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0358134  normal  0.456153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0042  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.921175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>