153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0044 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  97.62 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  97.62 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  95.12 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  91.89 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  93.55 
 
 
70 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>