258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0047 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0040  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.123101  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.241966  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0848  tRNA-Asp  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.473747  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>