More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0040 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0033  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0026  tRNA-Ile  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0032  tRNA-Ile  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  95.16 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  95.16 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  95.16 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  95.16 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0030  tRNA-Ile  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0030  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0052  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0058  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0064  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0041  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.339834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0047  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0023  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000132688  unclonable  0.00000666123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0005  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00223739  hitchhiker  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0051  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>