114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_R0006 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  93.02 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt17  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61830  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000100063  hitchhiker  0.00456196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0013  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0245889  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5361  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338891  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60310  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0026  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0073  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000478269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0083  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269854  normal  0.234293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000747513  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0013  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0212264 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>