208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0024 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0027  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.800046  normal  0.352894 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0005  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0043  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.50689  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0012  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000647679  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0007  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0024  tRNA-Met  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000171351  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  87.18 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0074  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0141548  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0054  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0016  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000151702  hitchhiker  0.0080631 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  100 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-4  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5645  tRNA-Met  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000266737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5723  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00377961  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-6  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00371992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-1  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197006  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0049  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>