203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0053 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0007  tRNA-Met  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0024  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000171351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0012  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000647679  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  94.12 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0016  tRNA-Met  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000151702  hitchhiker  0.0080631 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0005  tRNA-Met  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0024  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0083  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0049  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0025  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0012  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-4  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0053  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0053  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.744028  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0026  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0221  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000903582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5645  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000266737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5723  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00377961  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5025  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5249  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000109559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0013  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0203721  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00371992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.7 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443451  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237945  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-7  tRNA-Met  90.7 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000430369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000564951  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0043  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.50689  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0071  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131977  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4994  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0068  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5810  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00215363  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0130  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0134  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00862891  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5628  tRNA-Met  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00010832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0013  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  85.9 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0026  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000311751  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R18  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0030  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00179539  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0047  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>