115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0018 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  87.69 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0050  tRNA-Met  84.93 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000143302  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0022  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0256241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0074  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0141548  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>