297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0036 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0022  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0040  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0010  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0833672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>