295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0020 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0012  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.189298  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309279  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.211711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0014  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0022  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309215  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.266005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309135  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>