295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0015 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  98.21 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  95 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>