245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0006 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1045  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1047  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1046  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65202  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0007  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0084  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0026  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.338474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0010  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0025  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0045  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100318  hitchhiker  0.00586866 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0006  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574401  hitchhiker  0.000034907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0061  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.312236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3135t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669917  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3133t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3134t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3132t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3131t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3129t  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0037  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.47899e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>