245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0048 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  96.23 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  87.01 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  88.89 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  88.89 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  92.68 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2217  tRNA-Arg  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0048  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  93.94 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  92.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  84.06 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0041  tRNA-Arg  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.145936 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>