179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0010 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2217  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0018  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0009  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000133621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04240  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>