299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_R0003 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>