299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0035 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0038  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.291722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0019  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00642302  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00236112  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>