258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0053 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.75632  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0777  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0772068  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1745  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309176  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0037  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0012  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309103  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0620243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>