226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0064 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0800  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000572817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2240  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0044  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.462611  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1761  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>