148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0008 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 69 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R67  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0322205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1935  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.285528  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1334  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.29476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1364  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.618401  normal  0.347437 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1350  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0283084 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2119  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>