56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C1364 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A1350  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0283084 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1364  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.618401  normal  0.347437 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1334  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.29476 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1935  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.285528  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2119  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144958 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0669  tRNA-Arg  92.54 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00124611  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1864  tRNA-Arg  92.54 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000043092  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1178  tRNA-Lys  85.9 
 
 
79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.00000000000014265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0083  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.597387  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0358  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.714214  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0069  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4646  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5012  tRNA-OTHER  91.18 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>