161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0033 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0034  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  100 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1683  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.792102  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2137  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00960478  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2212  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.249062  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.514927  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1468  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0044  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.462611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1761  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04240  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0040  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2040  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000158642  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1416  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>