119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_R0013 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  90.16 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  88.89 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  100 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  84.42 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  83.56 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  83.56 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  84.38 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  84.13 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  84.13 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  96.3 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  84.13 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>