More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0012 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  98.21 
 
 
76 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  94.34 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  94.34 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  88.16 
 
 
78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  88 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  94 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  92.98 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  90.57 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt029  tRNA-Sec  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0658058  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2420  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2130  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0685  tRNA-Trp  89.09 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000025208  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  97.14 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt028  tRNA-Trp  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.145529  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0094  tRNA-Trp  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000691551  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0058  tRNA-Trp  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>