136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna53 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0013  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.844027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.833054 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>