158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_R0004 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0002  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000443996  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_3  tRNA-Arg  90 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_7  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.010437 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>