130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0001 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  143  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0007  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454934  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0045  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100318  hitchhiker  0.00586866 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0006  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574401  hitchhiker  0.000034907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0034  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00579174  normal  0.03113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0061  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.312236  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0010  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479679 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0025  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171373  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0026  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.338474  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0084  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  90.57 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.381218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0062  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175369  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227947  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0636515  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  90.57 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0011  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0021  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0043  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0103338  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0033  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  90.57 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0022  tRNA-Gly  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.997438  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01507  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000147856  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0029  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102871  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0043  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0173642  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0076  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00038438  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3045  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3046  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0395002  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0028  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.110227  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000227912  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0037  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000021714  normal  0.246057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0038  tRNA-Arg  84.93 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000220683  normal  0.24364 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1589  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00193926  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1590  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000176536  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0602741  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0009  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0136864  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0081  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120582  normal  0.0141805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0011  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00226838  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0012  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00501497  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0013  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0010358  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0028  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000191779  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0029  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0030  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0030  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103236  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0027  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0248505  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0028  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00884611  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0029  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0818  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0819  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0030  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0479524  normal  0.8526 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2651  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00638973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2652  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0122696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2945  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0156149  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2946  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0142864  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3011  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.437147  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3012  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1960  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.158848  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1961  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232967  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0031  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292671  normal  0.864836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0056  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0057  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0058  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0028  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00103992  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0029  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00109449  normal  0.51543 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0030  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000476466  normal  0.507447 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>