119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0016 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  100 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0004  tRNA-Arg  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>