294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R7 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 79 bp  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 65 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139316  normal  0.953487 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>