171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt18 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PGt18  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  98.25 
 
 
76 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  94.92 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  91.23 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  87.67 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0024  tRNA-Gly  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474961  hitchhiker  0.000422709 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  90.32 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  90.32 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  91.84 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  90 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0052  tRNA-Gly  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616527  hitchhiker  0.00092447 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  90 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  90 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  90 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  90 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13870  tRNA-Gly  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0328341  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13850  tRNA-Gly  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.15127  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  86.89 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  89.8 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  89.8 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  89.8 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0066  tRNA-Gly  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0111  tRNA-Gly  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0112  tRNA-Gly  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.707788  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0113  tRNA-Gly  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.720263  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  91.84 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  94.44 
 
 
73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  88.33 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  89.36 
 
 
75 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  90.7 
 
 
73 bp  54  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  88.14 
 
 
77 bp  54  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  88.14 
 
 
77 bp  54  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  86.44 
 
 
73 bp  54  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  87.93 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0002  tRNA-Gly  88 
 
 
76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.367155  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  90.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  85.96 
 
 
79 bp  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly03  tRNA-Gly  85.96 
 
 
79 bp  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.122122  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  88.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  91.11 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0048  tRNA-Gly  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00105769  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  83.56 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>