76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Arg-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0032  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.717284 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0057  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0595904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1721  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.422722  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1441  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>