85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0006 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1397  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1779  Integrase catalytic region  96.88 
 
 		 1137 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.344566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>