110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1397 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1397  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08860  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00968271  normal  0.0225487 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000176947  hitchhiker  0.0000474018 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0007  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0057  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>