173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0017 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  93.22 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.93 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  86.44 
 
 
74 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2217  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0019  tRNA-Arg  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.344566  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.189298  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  88.89 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0730  tRNA-Thr  88.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  88.64 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  88.37 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  88.37 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  88.37 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>