72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0057 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0009  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 73 bp  107  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000649352 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t28  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122448  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0033  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000528096  normal  0.244498 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0031  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.032059  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0034  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000102634  normal  0.0121281 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0027  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.970154  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0029  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0031  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0059  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0017  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0809  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.770269  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0010  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0833672 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0001  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.263223  normal  0.0193915 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>